Molecular identification of Fusarium graminearum, sorghum pathogen in Serbia

Abstract

U periodu 2009-2011. na lokalitetima u Bačkom Petrovcu i Čantaviru prikupljeno je i analizirano 39 uzoraka biljaka gajenog sirka (Sorghum bicolor) sa simptomima truleži prizemnog dela stabla. Iz biljnog tkiva izolovane su monosporne kulture, čija je patogenost potvrđena pojavom simptoma na veštački inokulisanim biljkama sirka, a na osnovu morfoloških makroskopskih i mikroskopskih osobina identifikovan je Fusarium graminearum. Molekularna identifikacija obavljena je primenom lančane reakcije polimeraze (PCR, Polymerase Chain Reaction) uz korišćenje prajmera ef1/ef2 i amplifikaciju kodirajućeg proteinskog gena TEF 1-alfa. Sekvenca TEF gena odabranog izolata 535-10 (JF747146) je pokazala 98% do 99% nukleotidne identičnosti sa sekvencama 63 izolata Gibberella zeae deponovanih u NCBI bazi podataka. Amplifikacijom barkoding dela genoma F. graminearum izolata iz sirka dat je doprinos bržoj i preciznijoj identifikaciji i karakterizaciji vrsta roda Fusarium u Srbiji.