Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji
Аутори
Popović Milovanović, TatjanaIličić, Renata
Trkulja, Nenad
Trkulja, Vojislav
Zečević, Katarina
Jelušić, Aleksandra
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta
ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz
porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na
lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas
su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli
zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos
sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je
detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg
razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je
korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena
virulentnosti.
Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414...
(Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022),
odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci
DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB,
lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao
od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C),
11
hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i
elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije
(5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg,
Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri
testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena.
mMultigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka
Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje
„Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je
da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022)
pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi
I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018.
godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u
Srbiji.
Извор:
XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova, 2023, 10-11Издавач:
- Društvo za zaštitu bilja
Финансирање / пројекти:
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200010 (Институт за заштиту биља и животну средину, Београд) (RS-MESTD-inst-2020-200010)
- info:eu-repo/grantAgreement/MESTD/inst-2020/200117/RS//" (RS-MESTD-inst-2020-200117)
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200116 (Универзитет у Београду, Пољопривредни факултет) (RS-MESTD-inst-2020-200116)
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200053 (Универзитет у Београду, Институт за мултидисциплинарна истраживања) (RS-MESTD-inst-2020-200053)
Институција/група
IZBISTY - CONF AU - Popović Milovanović, Tatjana AU - Iličić, Renata AU - Trkulja, Nenad AU - Trkulja, Vojislav AU - Zečević, Katarina AU - Jelušić, Aleksandra PY - 2023 UR - https://plantarum.izbis.bg.ac.rs/handle/123456789/1196 AB - Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), 11 hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. mMultigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji. PB - Društvo za zaštitu bilja C3 - XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova T1 - Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji EP - 11 SP - 10 ER -
@conference{ author = "Popović Milovanović, Tatjana and Iličić, Renata and Trkulja, Nenad and Trkulja, Vojislav and Zečević, Katarina and Jelušić, Aleksandra", year = "2023", abstract = "Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), 11 hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. mMultigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji.", publisher = "Društvo za zaštitu bilja", journal = "XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova", title = "Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji", pages = "11-10" }
Popović Milovanović, T., Iličić, R., Trkulja, N., Trkulja, V., Zečević, K.,& Jelušić, A.. (2023). Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji. in XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova Društvo za zaštitu bilja., 10-11.
Popović Milovanović T, Iličić R, Trkulja N, Trkulja V, Zečević K, Jelušić A. Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji. in XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova. 2023;:10-11..
Popović Milovanović, Tatjana, Iličić, Renata, Trkulja, Nenad, Trkulja, Vojislav, Zečević, Katarina, Jelušić, Aleksandra, "Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji" in XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova (2023):10-11.