Proučavanje prouzrokovača vlažne truleži paprike i mrkve u Vojvodini

Abstract

Veliki ekonomski značaj u gajenju brojnih biljnih vrsta, a posebno korenasto-krtolastih, imaju bakterije iz rodova Pectobacterium i Dickeya, prvobitno opisane kao rod Erwinia. Ove bakterije prouzrokuju bolest tzv. vlažnu trulež. Štete nastaju usled propadanja zaraženih plodova, krtola i mesnatog korena. Iako ovi patogeni mogu da prouzrokuju velike štete tokom proizvodnje, ipak najveće nastaju tokom skladištenja. Primenom metode sekvenciranja DNK genoma, taksonomija rodova Pectobacterium i Dickeya je u prethodnoj deceniji značajno izmenjena,usled čega je i pripadnost pojedinih, već opisanih sojeva vrstama iz ovih rodova iznova determinisana. Takođe, ova metodologija doprinela je otkrivanju velikog broja novih vrsta bakterija ovih rodova. Tako, rod Pectobacterium do danas broji 20 vrsta, a rod Dickeya najmanje 10. S obzirom na učestale taksonomske promene, cilj ovog rada je bio da se izoluju i identifikuju prouzrokovači vlažne truleži paprike i mrkve kako bi se utvrdio genetički diverzitet novoizolovanih bakterijskih populacija. Tokom septembra 2022. godine, na lokalitetu Rimski Šančevi prikupljeni su oboleli uzorci plodova paprike sa simptomima vlažne truleži, a na lokalitetu Futog uzorci korena mrkve. Simptomi su se javljali u vidu razmekšavanja i propadanja plodova, uz prisustvo karakterističnog, neprijatnog mirisa. Izolacije su vršene sa prelaznih zona između obolelog i zdravog tkiva, na podlogu sa saharozom i peptonom. Bakterijske kolonije beličasto krem boje, glatke, blago ispupčene su se javljale 48 h nakon izolacije i inkubacije na 26 °C. Patogenost odabranih izolata dokazana je na zrelim plodovima paprike, korenu mrkve, kao i krtolama krompira. Analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) vršena je primenom šest konzerviranih gena dnaX, gapA, icdA, mdh, recA i rpoS. BLASTn analiza Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) je pokazala da izolati poreklom sa paprike pripadaju bakteriji Pectobacterium brasiliense, sa procentom identiteta od 98,96% (dnaX) do 100% (gapA). Izolati poreklom sa mrkve su identifikovani kao Pectobacterium carotovorum, sa procentom identiteta od 100%, na osnovu sekvenci svih šest analiziranih gena. Ove bakterije su u Srbiji prethodno determinisane i opisane kao patogeni krompira, a P. carotovorum i kao patogen kupusa.