Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji
Authors
Popović Milovanović, TatjanaIličić, Renata
Trkulja, Nenad
Trkulja, Vojislav
Zečević, Katarina
Jelušić, Aleksandra
Conference object (Published version)
Metadata
Show full item recordAbstract
Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta
ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz
porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na
lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas
su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli
zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos
sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je
detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg
razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je
korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena
virulentnosti.
Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414...
(Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022),
odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci
DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB,
lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao
od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C),
11
hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i
elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije
(5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg,
Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri
testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena.
mMultigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka
Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje
„Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je
da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022)
pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi
I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018.
godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u
Srbiji.
Source:
XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova, 2023, 10-11Publisher:
- Društvo za zaštitu bilja
Funding / projects:
- Ministry of Science, Technological Development and Innovation of the Republic of Serbia, institutional funding - 200010 (Institute for Plant Protection and Environment, Belgrade) (RS-MESTD-inst-2020-200010)
- info:eu-repo/grantAgreement/MESTD/inst-2020/200117/RS//" (RS-MESTD-inst-2020-200117)
- Ministry of Science, Technological Development and Innovation of the Republic of Serbia, institutional funding - 200116 (University of Belgrade, Faculty of Agriculture) (RS-MESTD-inst-2020-200116)
- Ministry of Science, Technological Development and Innovation of the Republic of Serbia, institutional funding - 200053 (University of Belgrade, Institute for Multidisciplinary Research) (RS-MESTD-inst-2020-200053)
Collections
Institution/Community
IZBISTY - CONF AU - Popović Milovanović, Tatjana AU - Iličić, Renata AU - Trkulja, Nenad AU - Trkulja, Vojislav AU - Zečević, Katarina AU - Jelušić, Aleksandra PY - 2023 UR - https://plantarum.izbis.bg.ac.rs/handle/123456789/1196 AB - Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), 11 hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. mMultigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji. PB - Društvo za zaštitu bilja C3 - XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova T1 - Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji EP - 11 SP - 10 ER -
@conference{ author = "Popović Milovanović, Tatjana and Iličić, Renata and Trkulja, Nenad and Trkulja, Vojislav and Zečević, Katarina and Jelušić, Aleksandra", year = "2023", abstract = "Bakteriozna mrljavost plodova lubenice (Acidovorax citrulli) predstavlja širom sveta ozbiljnu pretnju uključujući uzgajivače i proizvođače semena i rasada gajenih vrsta biljaka iz porodice Cucurbitacae. Krajem 1980-ih, bakterija A. citrulli se nakon epidemijskih pojava na lubenici u SAD proširila na druga područja i useve (dinja, tikva, bundeva, krastavac). Do danas su opisane dve genetički različite populacije A. citrulli. U Srbiji je prvi nalaz A. citrulli zabeležen 2014. godine na lubenici u lokalitetima Bačke i Srema. Međutim, uprkos sprovedenim eradikativnim merama i naporima u upravljanju ovim patogenom, ponovo je detektovan 2018., 2021., i 2022. godine na području Mačve i Srema. U cilju boljeg razumevanja genetičke strukture populacija A. citrulli prisutnih u Srbiji, u ovom radu je korišćena analiza sekvenci više genskih lokusa (MLSA) primenom konzerviranih gena i gena virulentnosti. Tokom rada korišćena su četiri reprezentativna soja A. citrulli, pod šiframa Ac414 (Čelarevo, 2014), Ac818 (Šabac, 2018), Ac221 (Ašanja, 2021) i Ac322 (Hrtkovci, 2022), odabrana na osnovu prethodnih rezultata dobijenih umnožavanjem ponavljajućih sekvenci DNK (rep-PCR). Za MLSA je korišćeno devet gena, i to osam konzervativnih (gltA, gmc, gyrB, lepA, phaC, pilT, trpB, ugpB) i jedan gen virulentnosti (Aave_1548). PCR program se sastojao od inicijalne denaturacije (5 min na 95 °C), praćene sa 30 ciklusa denaturacije (30 s na 95 °C), 11 hibridizacije (30 s na 60 °C za konzervativne gene i 55 °C za gen virulentnosti Aave_1548) i elongacije (30 s za konzervativne gene i 90 s za gen Aave_1548 na 72 °C); i finalne elongacije (5 min na 72 °C). Amplifikovani produkti su sekvencirani u Eurofins Genomics (Hamburg, Nemačka). Kvalitet dobijenih sekvenci je manuelno pregledan, nakon čega je za svaki od četiri testirana soja napravljena multigenska sekvenca na osnovu svih sekvenciranih gena. mMultigenske sekvence testiranih i referentnih sojeva A. citrulli preuzetih iz baze podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) korišćene su za konstruisanje „Neighbor-joining” filogenetskog stabla. Na osnovu rezultata filogenetske analize, dokazano je da sojevi A. citrulli izolovani iz prirodno zaraženih plodova lubenice u Srbiji (2014-2022) pripadaju dvema reprezentativnim genetičkim grupama opisanim u svetu (grupe I i II). Grupi I su pripadali sojevi izolovani 2021. i 2022. godine, a grupi II sojevi izolovani 2014. i 2018. godine. Rezultati dobijeni u ovom radu ukazuju na puteve introdukcije i širenja A. citrulli u Srbiji.", publisher = "Društvo za zaštitu bilja", journal = "XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova", title = "Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji", pages = "11-10" }
Popović Milovanović, T., Iličić, R., Trkulja, N., Trkulja, V., Zečević, K.,& Jelušić, A.. (2023). Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji. in XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova Društvo za zaštitu bilja., 10-11.
Popović Milovanović T, Iličić R, Trkulja N, Trkulja V, Zečević K, Jelušić A. Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji. in XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova. 2023;:10-11..
Popović Milovanović, Tatjana, Iličić, Renata, Trkulja, Nenad, Trkulja, Vojislav, Zečević, Katarina, Jelušić, Aleksandra, "Utvrđivanje genetičke strukture populacija Acidovorax citrulli u Srbiji" in XVII simpozijum o zaštiti bilja, Zlatibor 2023, 27-30. novembar, Zbornik rezimea radova (2023):10-11.